1、两种法律文书的性质作用不同。检察建议书是针对社会治安和综合管理问题，向有关单位提出建议所制作和使用的检察工作文书。就其性质来说，它是检察机关参加社会治安综合治理的手段和形式之一，是检察机关在行使各项检察职能的过程中，与人民群众密切配合，预防和减少犯罪，维护社会治安的重要形式;而检察意见书则是检察机关在办案中认为应对被不起诉人给予行政处罚、行政处分或者没收其违法所得，而向有关主管部门提出检察意见所制作和使用的检察法律文书，它是检察机关使被不起诉人受到行政制裁，吸取教训的重要方式。
2、两种法律文书的制作依据不同。建议书和检察意见书的制作和使用，有着各自的法律依据和内部规定。建议书制作和使用的主要法律依据是《中华人民共和国人民检-察-院组织法》第四条和修改后的刑事诉讼法第二条等原则性规定和精神，以及上海市人民检-察-院《检察实务手册》各业务条线关于制作和使用的内部规定。意见书制作和使用的主要法律依据是修改后的刑事诉讼法第一百四十二条第三款的规定，人民检-察-院实施《中华人民共和国刑事诉讼规则》(试行)第二百九十一条第二款的规定。
3、两种法律文书的适用范围不同。根据有关规定，建议书主要适用于规定等的九个方面：意见书主要适用于对被不起诉人须由主管部门给予行政处罚、行政处分或者没收其违法所得的，以及民事检察工作中对有错误但尚不需要提请抗诉的案件等两个方面
4、两种法律文书的格式和内容不同。建议书的格式和内容是按照最高人民检-察-院制定的《人民检-察-院刑事诉讼法律文书格式》第107样式的规定来制作的';意见书的格式和内容则是按照《人民检-察-院刑事诉讼法律文书格式》第84样式的规定来制作的。
一、议案是法定机关和法定提案人依照法定程序提请代表大会或人大棠委会列入会议议程进行审议并作出决定的议事原案。建议、批评和意见是人大代表向代表大会或人大棠委会提出的对各方面工作的意见或建议。
二、议案必须是由法律规定的机关，或者代表按法定的联名人数，依照法定的程序提出。而代表的建议、批评和意见，代表个人可以提出，代表联名也可以提出。
三、议案内容必须是属于本级人民代表大会或者人大棠委会职权范围内的。而建议、批评和意见则是对各方面的工作都可以提出。
四、议案的书写形式要求有案由、案据和方案，法律案还需附有法律修改草案。建议、批评和意见的书写形式没有法定要求。
五、议案与建议、批评和意见的处理程序不同。议案由大会主席团或者委员长会议或者主任会议决定是否列入会议议程，或先交有关专门委员会审议，提出是否列入会议议程的意见，再由主席团或者委员长会议或者主任会议决定是否列入会议议程。而建议、批评和意见，是由人大棠委会办事机构交由有关机关、组织研究处理。
人大代表的建议是依据法律规定的程序处理的。根据全国人大组织法第21条、地方组织法第19条和代表法第18条的规定，县级以上各级人大代表向本级人民代表大会或人大棠委会提出的对各方面工作的建议、批评和意见，由本级人大棠委会的办事机构交有关机关和组织研究处理并负责答复。乡、民族乡、镇的人大代表向本级人民代表大会提出的建议、批评和意见，由本级人民代表大会主席团交有关机关和组织研究处理并负责答复。全国人大议事规则还规定，全国人大代表向全国人民代表大会提出的建议，由全国人大棠委会办事机构交由有关机关、组织研究处理，并负责在大会闭会之日起3个月内，至迟不超过6个月，予以答复。代表对答复不满意的，可以提出意见，由全国人大棠委会办事机构交由有关机关、组织或者其上级机关、组织再作研究处理，并负责答复。
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