从管理的角度看，商务秘书部门是下商企业的中枢机构，是企业管理构成中的综合性辅助管理部门，其地位的重要性不言而喻。但是企业不同于党政机关，党政机关的机构组成是由相应的组织法规予以确认的，在一般情况下其差异性不会太大。而现实工作中，各型各类工商企业的体制、规模和管理模式千差万别，因而其机构设置也并非是有一定之规。况且企业的管理机构组成和人员配置主要取决于企业的经济活动的需要，即使一些大型国企，其机构设置受党政机关影响比较明显，在国企体制改革后，其机构也大多进行了调整。更何况大量出现的民营企业，其机构设置是以效益为其础。在这种情况下，企业领导人的领导风格和工作习惯都在很大程度上影响着机构的设置。因此，各型各类下商企业的商务秘书部门设置和人员配置不可能是整齐划一的。
即便如此，一般而言，在稍具规模的企业中仍设有商务秘书机构。这些机构有的'与党政机关相似称为办公室，有的则称为行政事务部或行政部，还有的企业规模不大，将人事、财务与商务秘书事务合并在一起，统称为综合管理办公室，或简称为综合办。
这些相对集中地处理商务秘书事务的机构并不涵盖为董事会服务的董事会秘书，也不涵盖为各部门服务的经理助理或文员。这些相对集中地处理商务秘书事务的机构如办公室，与分散在各部门的商务秘书人员也没有隶属关系，有些甚至连业务指导关系也并不明确。
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